在朱由校远征的这段时间，内阁和户部也没闲着，依旧贯彻朱由校的意见，做好了水利建设和各类防灾的应对。
建立了一套包括地方报灾、御史检灾、朝廷下令赦免等内容在内的比较系统完整的社仓制度、遣使宣慰、因灾蠲免制度、水利工程的兴修等措施。
所以，出征这几年虽然消耗了几乎之前九成库存的粮食、布匹、武器、车船和银子，但依旧保持住基本生产良好，能实现对付灾害从初步发生就主动限制的效果。
目前内阁与户部对地方上的知府、县令可以直接指导赈灾，已经采取的主要方式包括：
实物赈济：主要发放如食物、衣物等生活必需品，无偿提供给灾民的一种方式。目的在于帮助灾民度过临时性的生活困难，实物赈济主要以发放粮食为主。
作物种子赈济：政府为保证生产的正常进行，在农耕季节给予种子的赈济。
太仓署发放粮食在春播之时，以义仓粮种无息贷给农民，劝其耕植，并允许在秋收后偿还，是一种务实的经济措施，也在一定范围内堵塞豪强大户乘农民青黄不接之际，放高利贷的渠道，减少了大批农民破产流亡的可能性，从而在一定程度上保证了农业生产的稳定发展。
有偿赈贷：政府将救济品以借贷的方式暂时性给予受助者，境况好转时再还给政府，这种方式是有条件的给予。
赦免税收：赦免是官府免除应征赋税及所欠官府钱物，是灾后常用的赈灾措施，即根据受灾程度全部或部分免除当年的赋税徭役，以减轻灾民的负担。
天启年间，大明在唐代的赈灾方式基础上完善了朝廷赈灾制度，随着经济的不断发展，大明已经能够负担起局部地区发生的各种自然灾害，前几年陕西干旱频发，但是通过国家赈灾减灾，没有饿死一个人。
但是大明的百姓不想依赖国家救济，奋发图强改变环境，通过植树造林、种草养殖，治理旱涝风沙，环境逐渐改善，自然灾害明显减少了，今年全国发生自然灾害的地区很少。
各地不分百姓、官吏都在高兴。
这会大丰收，各地基本不分南北东西，这一年夏秋竟然几乎无灾，确实是难得的丰收之年。
收到各省各知府的丰收消息，朱由校起初有些欣喜，但仔细思考后却高兴不起来。
“好像每个地方都丰收，各地都对今年的农产很乐观，都是这样的话，就会有销售、流通、储存的问题，甚至是农业和初级加工产品的集中经济危机。”
果然，档案司每年均要把大明各地生产销售和种植植物数据统计出来，上报内阁、天启，以及入档案。今年数据初步统计到一半的时候，朱由校就发现问题了。
“果然农产品、初级加工产品物价大跌，那很多投钱、投力、投资源的人，会亏损赔钱，那些卖不出去、转运不出去、无法良好保存的物产会浪费掉。”