大明的亲军、野战军和卫所军，以后统一编制。
战兵的编制只包含战兵，辅兵、运输兵、工程兵、医疗兵和炊事兵等，精锐的则一般由卫所兵来承担，当朝大规模战争爆发时，由义务兵或者说征召兵来作为辅兵。
当然战兵也进行炊事、医疗、运输能力的训练，他们是一般专注于军事战斗，不是不会不做这些事。
新的编制总的原则是按照三三制进行编制。
镇-协-标-营-队，对应师-旅-团-营-连。
三个队组成一个营，三个营组成一个标，三个标组成一个协，三个协组成一个镇。
镇设总兵、副总兵；协设参将、副参将；标设游击、副游击；营设把总、副把总；队设总旗，副旗。
五军都督府，开始恢复权利，掌管全国野战军与卫所军籍，以后也负责兵役等相关工作。
野战军与卫所军征讨、训练听命于军机处和五军都督府，镇戍、装备、后勤和军事人员的人事等则听命于兵部。
巨子宣传内容和巨子相关人事调度，则日常听命于东厂锦衣卫。
大型战役临时组建前线都督、经略，都督一般是武将，经略由文官或武将担任。超过五个以上镇参加的战役，则由领兵元帅或者督师。
卫所兵也是日后统一按照同样的编制，只不过不着急眉毛胡子一把抓。前两年先搞好亲军、京军的编制改革，后三年再推进营兵、卫所兵的编制，以及义务征召兵役制度的建设。
在地方，都指挥使司的指挥使，依旧为一省地方统兵长官，听命于内阁与五军都督府，尽量延续之前的架构。
新改编的卫所这样也会有一大批总兵、副总兵、参将、副参将，看起来有点臃肿，其实朱由校把卫所作为国之股肱。
卫所军为军户，家属在卫所集体农庄生产生活，也可以进入卫所的手工工坊或加工厂上班，生活是有保障的。而且是目前蒸汽工厂推广最多的地方，也是新百家人才集中的地方。卫所的家属和普通人员如学堂等，都是朱由校改革最大的发动机。
换句话说，卫所就是建设兵团、国营企业、国立大学、国家研究所和工程兵、铁道兵、消防兵、炊事兵、涉军医院的超级结合体。
此乃国之股肱，所以并不臃肿。
朱由校能直接皇权下到卫所，或者说朱由校能有那么大魄力做改革，靠的就是这样的新卫所。
因此上每个卫所兵均有转为技术兵并不是他们最主要职责，比例很小不会超过百分之二十的几率，但是卫所兵掌握了某项技术就能进工厂当技术工人，这对卫所兵和外面想加入军户的人吸引力很大。
卫所里的手工作坊和加工厂均是在巨子们的带领下建立起来的，不少巨子被破格担任了手工作坊和加工厂的领导阶层，技术革新是巨子们的强项。
在卫所军中巨子的地位远比京军、边军、野战军中巨子的地位高，巨子们在卫所军中待遇最高，超过了直接的军官与将领。