秀保最终决定，将福岛正则转封至筑前夜须、上座二郡五万四千石，并免去武卫司司判之职。月余后，高台院病逝，享年七十七岁，征求秀赖意见后，秀保将其与丰臣秀吉合葬。
次年四月，秀保姐夫、广岛藩主毛利秀元病逝，因无子嗣，家中陷入危机。为保毛利氏周全，秀保姐姐大善院力求秀保过继一子嗣继承广岛藩。
最终，秀保决定将高仁亲王次子过继毛利氏，六月，由岛清兴至广岛为之元服，名为毛利元虎，毛利氏的家格也由外样提升为谱代。
这年深秋，在位五十三年的万历帝殡天，大明帝国这艘浴火重生的战船，交到了泰昌帝手中。
可以说，福王就藩为泰昌帝最终即位扫清了最大障碍，而其中起到关键性作用的就是秀保。
虽然不知道那天晚上万历帝和他聊了些什么，但从后续发展来看，无疑是有利于泰昌帝践祚的，加之后来万历帝对秀保的态度，使他格外重视与秀保的关系。
得知万历驾崩、新帝即位，秀保亲往京师祭奠并朝贺，奏请由满仁亲王继任日本国王，泰昌帝当即恩准，并赐其名朱敦熠。
秀保在京师居住三月有余，甚得大明君臣信赖，期间频繁奉诏进出大内，拜访王公大臣，进一步密切了两国联系。
开源四年（1626年）六月，菊亭晴季以年老力衰致仕，关白之位空缺，秀保直接奏请以秀赖为关白。
秀赖坚辞不就，但秀保觉得这是秀吉、淀姬乃至石田三成等人的心愿，还是多次劝说，最终迫使其应允。
这其中固然有秀保记恩念旧的关系，更多的却是如今秀保的身份和幕府的地位已不同往日，一个徒有虚名的关白，送出去不仅做个顺水人情，也能赚个好名声，算是有利无害。
这是自文禄四年（1595年）秀次免去关白后，时隔三十年再一次由丰臣氏担任关白之职，秀吉旧臣最终得偿所愿，秀赖也就此将家督之位让予嫡子秀光。不久，亲王加身的秀保辞去了太政大臣之职，让予菊亭晴季之孙近卫经季（过继近卫家）。
此后数年时间里，秀保着力于提高以伏见宫为首的朝廷权威，满仁亲王也有意以朝廷的权威代替幕府的权威，力图从形式上到实质上实现真正的一体化。
虽然后花山天皇等一众皇族对此感到欣慰，但不少公卿却因为秀保对其掌控力日渐加强而惴惴不安。如今，年近五十的后花山天皇没有子嗣，更是让他们对秀保是否会干涉皇位继承产生了担忧。
开源九年（1631年）十月，后花山天皇应秀保邀请赴伏见御所乘舟游玩，竟失足跌入湖中，虽然及时营救上岸，但水呛入肺，加之惶恐惊悸，秋日着凉，引发肺炎。
虽经名医精心诊治，状况仍每况愈下，月余后甚至难以言语，对此，各方都打起了自己的算盘。最先出击的便是那些公卿，他们援引之前皇室旧例，要求后花山天皇尽早甄选宗室子弟为嗣，立为东宫。
但秀保却向后花山天皇表达了对公卿这一做法的疑虑，后花山天皇自己也认为身体并没有他们想的那么糟糕，尚能应付日常事务，因此拒绝了公卿的提议。并且委托秀保向众人颁旨，认为皇室的问题应当由皇室来解决，上至公卿，下至大名不可参与。这无疑是引发了公卿的不满。