首先便是例数历代藤原氏对皇权的蔑视和架空，指责其违背祖神之承诺；紧接着便以参与此次谋反为由，将朱器台盘（藤氏长者的信物）、藤氏长者印、渡庄券文（摄关家所领之地券）等器物和摄关家的正邸东三条殿从近卫家接管过来。
不仅如此，还直接将近卫、九条、二条、一条贬为民籍，但对未参与谋反的鹰司氏网开一面，仍准予保留摄关家格，并且贬为民籍的公家成员中来自鹰司氏的也可以复归，但位次上只能排在末位；
随后，令近卫经季复归今出川氏，仍为太政大臣，提拔今出川氏为摄关家格，并由今出川经季接任藤氏长者，位在鹰司氏之前。
同年，出于控制地方的考虑，秀保与菊姬之三子孝仁亲王、与菊亭持子之子晴仁亲王臣籍降下。
前者改回原名丰臣秀孝，封地降至北大和（新庄）十五万石，晋位中纳言，承袭大和丰臣氏；
后者改回原名丰臣秀晴，封地降至和泉（岸和田）十二万石，晋位权大纳言，并赐予摄关家格，成为秀保一族在公家的代言人。
此外，纪伊丰臣氏、尾张丰臣氏（丰臣秀房接受丰臣本姓，但婉拒更改苗字，仍使用其祖父三好苗字）也被纳入摄关家。排名来看，依次是纪伊丰臣氏、大和丰臣氏、尾张丰臣氏、今出川（菊亭）氏、鹰司氏。
至于清华家，出自御堂流的花山院、大炊御门都受到牵连，划入重新设置的名臣家（旧大臣家、羽林家、名家、半家打乱后重现设置大臣家和名臣家）；
久我氏代表的村上源氏，在战国时期曾一度把握源氏长者的称号，对秀保夺取之事多有不满，因秀保代表的河内（清和）源氏自视正统，便索性将其贬为民籍；
三条、西园寺、德大寺三家，经今出川一族求情，除了三条以外，西园寺也得以保留家格但位居末位，德大寺则贬为大臣家。
增补的清华家包括如下五家：
毛利氏，秀保之孙，原为大江朝臣，丰臣朝臣赐下；
蒲生氏，秀保亲家，原为藤原朝臣，丰臣朝臣赐下；
前田氏，地方强藩，菅原朝臣；
结城氏，秀保亲家，原为藤原朝臣，丰臣朝臣赐下；
京极氏，秀赖亲家，中宫京极常子之娘家，原为宇多源氏，丰臣朝臣赐下。
其实，皇籍奉还后，秀保便开始将秀吉时期滥赐的丰臣姓和羽柴氏全部收回，仅赐予少数确有血缘或姻亲关系的大名。
因此，将毛利、京极三家纳入清华家并下赐丰臣氏，算是对其地位的重新确认。而给予前田、蒲生、结城三家与力大名清华家格，多是考虑其对幕府颁布的教令比较顺从，特别是对“永宁双令”的执行较为彻底。
经此“公家整治”，伏见宫确立了对公家的主导权，公武合体也进一步加深，可以说，秀保已然站上了权力的顶峰，就连当年“此世即吾世，如月满无缺”的藤原道长也难望其项背，且这一切都是源于自己无可比拟的势力，而非凭借所谓外戚，更是让人无法置喙。