朱儁的司马张超及徐璆、秦颉皆欲听之。朱儁不同意，他说：“出兵有形同而实异的地方。当初在秦末的时候，人民没有稳定的君主，所以以赏附来劝降。现在海内一统，只有黄巾造反，纳降他们不能使人向善，讨伐他们足以惩恶。现在如果接受他们的投降，那就滋长他们造反的意念，给他们有利就进战，不利就乞降的想法，这是纵敌长寇的策略，不是良计。”说完，下令急攻，但一连数日，都未能攻克。
朱儁登上土山，瞭望黄巾营垒，然后对张超说道：:“我知道了！贼人的外围坚固，内营逼急，求降不得，想出也出来不得，所以他们殊死战斗。万人一心，尚且不可当，何况是十万呢！强攻的害处太大了。不如把包围撤除，集合部队进城。韩忠看见包围已经解除了，一定会自己出来，等他们出来，兵心就散了，这是易于攻破的方法啊。”
于是下令解围。韩忠见围解，果然引军出战，朱儁乘势进击，大破其军，追击十余里，斩杀。韩忠等人只好投降。秦颉杀死韩忠。黄巾余众不能自安，又以孙夏为帅，还驻宛城。朱儁进攻，孙夏败走，朱儁纵兵击杀数万。黄巾因此破散流离。
中平二年（公元185年）春天，朝廷任命朱儁为右车骑将军。朱儁率兵回京，被任命为光禄大夫，增加食邑五千户，改封钱塘侯，加位特进。后来因为母亲丧离职。服毕起家，任将作大匠，转任少府、太仆。
黄巾起义之后，各地农民纷纷起义。其中大声的就自称雷公，骑白马的就自称张白骑，行动轻便的就说是飞燕，胡须多的就号称于氐根，大眼的就说大目，如此多的称号，都各有原因。人多的聚众二三万，小的也有六七千人。其中，以常山人张燕势力最大，他轻勇矫捷，军中都号称是“飞燕”，他善得士卒的爱戴。据众百万，占据黑山，朝廷无法讨平。后来，他遣使至京师，投降了朝廷，被拜为平难中郎将，领河北诸山谷事。
后来，张燕渐渐率兵侵犯河内郡，进逼京师。朝廷任命朱儁为河内太守，率领家兵击退张燕。后来他们大多都被袁绍所讨平。此后，朱儁历任光禄大夫、屯骑校尉、城门校尉、河南尹。
中平六年（公元189年），董卓把持政权。因朱儁是功高望重的将领，董卓对他格外小心。外表与他亲近交结，内心则对他颇为忌惮。
初平元年（公元190年），关东州郡起兵讨伐董卓，推袁绍为盟主，兵锋甚为强盛。董卓感到恐惧，想请公卿们商议迁都长安，朱儁屡次阻止。董卓虽然厌恶朱儁和自己作对，但贪图他的高名，于是上表奏请朱儁为太仆，做自己的副手。
使者到朱儁府上后想要宣示诏命，朱儁坚决推辞，不肯接受，却乘机说：“国家西迁，必孤天下之望，以成山东之衅，臣不见其可也。”使者听了，很感奇怪，问他：“召您受任，您坚决拒绝；没问您迁都的事，您却说了半天，这是为什么呢？”
朱儁说道：“副相国，我不能胜任，迁都计，也不是急事。辞却不能胜任的职务，说点不关紧急的话，是我们做臣子的本分。”