可是张居正被清算后，京察成了党争清除异己的战场。
东林党与其他党派就开始玩弄权术，利用京察清除异己。让京察沦为党争的温床，彻底坏了吏治。
朱由校要恢复张居正时期公正严格的京察，而且除了京察，还要对各地官员展开轮查，尤其是西南、西北两地，已经有四十年没有进行轮查了。
京察需要大公无私不怕得罪人的官员去做，以前周嘉谟就是顶雷背黑锅的最佳人选。
这次巡查的对象多数都是他提拔的官员，朱由校已经有了合适的人选。
都察院的左光斗领衔，重新启用被辞退的阮大铖唱黑脸。
这两人全是东林党的人，左光斗比较清廉，不会损公肥私，做好了东林党的脸上也有光，东林党不会反对。
阮大铖被东林党打击丢了官，他本来就看东林党人不顺眼，这次清查对象多数是文人军职人员，还有地方行政官员。这些人多数是东林党外围成员，能把他们一网打尽才能消除阮大铖对东林党的心头之恨。报仇的机会来了，同时还能报答天启皇帝的知遇之恩，一定会全力以赴做好京察工作。
阮大铖是专门和东林党作对的人，人品极差，可以说睚眦必报，这次做好了轮查工作，有理由给他安排职务，这条专门逮老鼠的狗还是有用的。
要想把西北与西南的轮查工作做好，顺利实行摊丁入亩和改土归流，朝廷重臣必须调整。
随着吏部尚书周嘉谟有所失职，六部重臣也要调整一下了。
李汝华、黄嘉善、孙如游、叶向高的职位不动。
周嘉谟为三朝元老，地位显赫，资格很高，对于周嘉谟两次上书请求至仕本来应该给以名誉嘉奖，可是他间接参与了汪文言与王安的叛乱。
这次张鹤鸣招供出的西北、西南大案的主犯，几乎全部是周嘉谟当礼部尚书时提拔的官员，他还接受了贿赂。
朱由校与周嘉谟有名义上的师生关系，为了保全自己与周嘉谟的脸面，没有公开他的罪证，只给周嘉谟去职。
提拔黄克缵担任吏部尚书，对西北、西南军政官员进行清理整顿，选清廉、务实、有担当有能力的官员补齐空缺。
孙承宗加兵部左侍郎，仍然担任工部左侍郎，主抓工部的军事方面工程建设。
徐光启晋升工部左侍郎，与孙承宗形成工部双左侍郎，当然一个在外一个在内，但是他主抓武器开发研究，搞发明和新农家，又与户部有关系。
周应秋从右都御史升任刑部尚书，开始进一步整人。
王象乾担任工部尚书，此人熟悉西南局势，扩建西南驿站与直路。
让他与孙承宗、徐光启搭档。
王象乾负责仿照先秦的秦直路，在西南扩建驿站，以后称“明直路”。以此推进改土归流。
孙承宗目前继续准备澎湖宝岛的建设。